• Saturday July 20,2019

Što je otkrio Harappa Ancestry Project?

Anonim

Moj prijatelj Zack Ajmal već nekoliko godina vodi projekt Harappa Ancestry. Ovo je izvaninstitucionalna dopuna genomskom istraživanju koja se odvija u akademiji. Njegova je motivacija bila u velikoj mjeri popunjena nedostatkom pokrivenosti stanovništva u Južnoj Aziji koja se vidi u akademskoj literaturi. Mnogo toga se odnosi na politiku, budući da je vlada Indije tradicionalno nerado dopustila skupljanje uzoraka (ergo, podaci HGDP-a koriste pakistaneze kao svoju južnoazijsku referencu, dok je HapMap prikupio DNK indijskih Amerikanaca u Houstonu). Naravno da takav projekt nije bez vlastitih slijepih mjesta. Zack se mora oslanjati na javne skupove podataka kako bi dobio bolju sliku skupina poput plemenskih populacija i Dalitsa jer su tako slabije zastupljeni u dijaspori iz koje privlači mnoge sudionike projekta.

Jednom kada Zack ima genotip, jedan od primarnih stvari koje je on jest dodati ga svom širem skupu podataka (koji uključuje mnoge javne uzorke) i analizirati ga pomoću paketa klastera na temelju modela Admixture. Koja smjesa uzima određeni broj populacija (npr. K = 12) i generira količinske zadatke pojedincima. Dakle, na primjer, pojedinac A može biti dodijeljen 40% populacije 1 i 60% populacije 2 za K = 2. Pojedinačni B može biti 45% populacije 1 i 55% populacije 2. To nisu nužno "prave" populacije. Umjesto toga, populacije i njihovi omjeri su tu da vam omogućuju razlučivanje obrazaca odnosa među pojedincima.

Budući da je Zack stavio svoje rezultate na mreži, mislio sam da bi bilo korisno pregledati kakve su se uzorke pojavile tijekom protekle dvije godine, jer su njegove veličine uzorka za neke regije sada umjereno značajne. Iako ima K = 16 populacija, nećemo svi biti zabrinuti, jer Južnjaci ne žele pokazati mnoge komponente. Ja ću se usredotočiti na sedam: Indijanac, Baloch, Kavkaz, NE Euro, SE Asian, Sibirski i NE Asian. To nisu prave populacije, ali etikete vam govore koja su regija ove komponente modalne. Tako, primjerice, "S Indijanac" komponenta vrhova u južnoj Indiji. "Baloch" među Balochovim ljudima jugoistočnog Irana i jugozapadnog Pakistana. "NE Euro" među istočnim baltičkim narodima. Posljednje tri su azijske komponente, trčeći zemljopisnu širinu od juga prema sjeveru do središta. Oni se odnose samo na prvo stanovništvo od interesa, Bengalis. Spojit ću ova tri posljednja zajedno kao "azijski".

Ispod je tablica, uglavnom pojedinci iz Zackova rezultata (iako postoje skupni rezultati iz javnih skupova podataka). Komentari u nastavku.

Etnička pripadnostSIndianBalochbijele raseNEEuroazijski
bengalski53%28%2%5%8%
Bengali Baidya45%30%3%5%12%
Bengali Baidya45%27%3%6%12%
Bengalski brahmin45%35%2%11%4%
Bengalski brahmin44%35%5%11%4%
Bengalski brahmin43%35%4%10%4%
Bengalski brahmin42%32%4%8%6%
Bengalski brahmin41%33%7%8%5%
Bengalski brahmin40%33%4%10%4%
Bengalski brahmin40%30%6%10%7%
Bengalski musliman50%25%1%5%15%
Bengalski musliman49%28%3%4%15%
Bengalski musliman45%27%4%4%17%
Bengalski musliman45%26%2%2%16%
Bengalski musliman45%24%1%3%19%
Bengalski musliman43%25%3%2%18%
Bengalski musliman48%27%0%5%15%
Tamilski brahman48%37%6%5%
Tamilski brahman48%37%3%5%
Tamilski brahman48%35%5%6%
Tamilski brahman47%38%6%4%
Tamilski brahman47%40%3%5%
Tamilski brahman46%40%3%6%
Tamil Brahmin Iyengar50%35%2%8%
Tamil Brahmin Iyengar47%38%6%4%
Tamil Brahmin Iyengar47%35%6%6%
Tamilski brahmin Iyer48%38%4%5%
Tamilski brahmin Iyer48%38%2%5%
Tamilski brahmin Iyer47%37%2%5%
Tamilski brahmin Iyer47%37%6%8%
Tamilski brahmin Iyer43%35%6%5%
Tamilski musliman58%28%3%2%
Tamil Nadar62%30%0%0%
Tamil Nadar59%32%3%0%
Tamil Nadar55%30%3%0%
Tamil Vellalar50%35%6%1%
Tamil Vellalar51%32%5%0%
Tamilski Vellalar (Šri Lanka)60%32%5%0%
Tamilski Vellalar (Šri Lanka)60%33%0%0%
Tamilski Vellalar (Šri Lanka)56%36%0%0%
Tamil Vishwakarma70%23%0%0%
Tamil Vishwakarma66%25%4%0%
Andhra Pradesh60%34%2%0%
Andhra Pradesh54%36%2%3%
Andhra Pradesh (Hyderabad)56%29%5%0%
Andhra Pradesh (Hyderabad)47%35%8%4%
Andhra Pradesh Gouda61%30%2%1%
Andhra Pradesh Kamma51%33%7%0%
Andhra Pradesh Kapu62%30%2%1%
Andhra Pradesh Naidu51%32%4%2%
Andhra Pradesh Reddy57%37%1%0%
Andhra Pradesh Reddy54%38%3%0%
Andhra Pradesh Reddy51%35%4%0%
Andhra Pradesh Reddy50%36%2%1%
Andhra Pradesh Telegu Brahmin45%33%6%4%
AP brahmin (Xing, N = 25)49%36%3%6%
AP Naidu (Reich, N = 4)61%31%1%1%
Kannada Devanga60%31%3%1%
Karnataka katolički kršćanin56%37%3%0%
Karnataka Lingayat55%34%4%0%
Karnataka54%36%2%0%
Karnataka Brahmin51%35%3%5%
Karnataka Iyengar49%36%5%5%
Karnataka Iyengar48%39%3%5%
Karnataka Iyengar48%37%3%7%
Karnataka Brahmin47%38%4%6%
Karnataka Konkani Brahmin47%37%2%6%
Karnataka Konkani Brahmin46%33%6%7%
Karnataka Kokani brahmin44%34%6%5%
Kerala47%33%7%2%
Kerala Brahmin43%39%4%6%
Kerala Christian53%35%4%0%
Kerala Christian50%35%8%1%
Kerala Christian45%33%7%3%
Kerala Muslim Rawther53%35%2%1%
Kerala Muslim Rawther51%28%4%3%
Kerala Nair48%40%4%0%
Kerala Nair47%38%5%5%
Kerala, sirijski kršćanin50%37%6%0%
Kerala, sirijski kršćanin50%35%9%1%
Kerala, sirijski kršćanin46%33%5%4%
Kerala, sirijski kršćanin44%33%6%4%
Pathan (HGDP, N = 23)23%42%16%11%
Kalash (HGDP, N = 23)22%43%18%11%
Burusho (HGDP, N = 25)23%41%12%10%
Brahui (HGDP, N = 25)12%58%12%2%
Sindhi (HGDP, N = 24)29%46%10%6%
Kašmir Pandit (Reich, N = 5)32%39%12%9%
Pendžabljanin43%36%5%9%
Pendžabljanin39%39%9%7%
Pendžabljanin34%43%7%7%
Pendžabljanin34%40%12%8%
Pendžabljanin33%44%5%10%
Pendžabljanin31%41%14%8%
Pendžabljanin29%36%11%11%
Punjabi Arain (Xing, N = 25)31%44%10%7%
Punjabi Brahmin35%40%8%11%
Punjabi Brahmin33%41%13%10%
Punjabi Chamar40%33%9%6%
Punjabi Jatt28%39%11%10%
Punjabi Jatt30%44%6%14%
Punjabi Jatt28%42%8%13%
Punjabi Jatt28%46%7%13%
Punjabi Jatt28%40%10%15%
Punjabi Jatt27%44%10%13%
Punjabi Jatt27%35%16%11%
Punjabi Jatt Muslim30%39%13%8%
Punjabi Khatri30%42%12%12%
Punjabi Lahori Muslim31%44%11%8%
Punjabi Pahari Rajput34%43%11%7%
Punjabi Pakistan28%36%16%7%
Punjabi Ramgarhia35%43%5%9%
Haryana Jat25%33%12%17%
Haryana Jat25%33%12%17%
Haryana Jatt28%38%5%20%
Haryana Jatt26%39%10%17%
Rajasthan Marwari Jain47%34%5%6%
Rajasthani Agarwal51%37%6%1%
Rajasthani brahmin32%38%9%15%
Rajasthani Marwari48%34%6%2%
Rajasthani Rajput45%38%5%9%
UP40%28%10%8%
UP Brahmin41%37%7%11%
UP Brahmin40%37%7%11%
UP Brahmin37%38%2%14%
UP Kayastha47%38%5%3%
UP musliman33%33%10%9%
UP musliman28%35%12%11%
UP muslimanski Pathan48%36%7%4%
UP muslimanski Syed33%31%13%7%
UP Syed36%37%7%8%
UP / Haryana Agarwal52%35%6%2%
UP / Haryana Jatt28%42%7%18%
UP / Madhya Pradesh51%27%1%7%
UP / Punjabi40%33%7%10%
UP / Punjabi Khatri27%43%10%11%
Bihari Baniya47%31%5%5%
Bihari Brahmin39%38%5%11%
Bihari Kayastha53%33%1%7%
Bihari musliman48%28%5%8%
Bihari musliman42%34%9%6%
Bihari musliman41%36%7%8%
Bihari musliman42%32%7%9%
Bihari Syed42%35%4%9%
Gujarati (HapMap, N = 63, Patel)54%42%0%1%
Gujarati (HapMap, N = 34, non-patel)44%39%5%7%


Nedavni rad sugerirao je da postoji jedan puls primjese između južnih i istočnih Azijata u okolici današnjeg Bangladeša koji se dogodio ~ 500 AD Tradicionalni računi o dolasku brahmana u Bengal sugeriraju razdoblje oko i poslije 1000. godine (Bengalski bio je jedan od posljednjih redukcija institucionalnog budizma u sjevernoj Indiji, pa je vjerojatno imao manje potrebu za službama brahmana). Rezultati se lako mogu uskladiti s tim dvjema činjenicama. Svi bengalski ne-brahmani (Baidya su ne-brahminska visoka kasta u Zapadnom Bengalu) imaju znatne istočnoazijske podrijetlo. Bengalski brahmani imaju daleko manje od toga. Osim toga, njihova komponenta "NE Euro" je dvostruko veća od onih koji nisu brahmani. Još uvijek postoji prostor za bengalske brahmane koji su sintetička zajednica s nekim pomiješanjem (njihova je frakcija istočnoazijana još uvijek znatno veća negoli drugdje u Južnoj Aziji), ali obrisi tradicionalne pripovijesti čini se da objašnjavaju široki pregled tih rezultata.

Kada pogledate Južne Indijance iz četiri Dravidijanske države postoje četiri činjenice koje me napadaju:

- Postoji jasna razlika između brahmana i ne-brahmana (većina ne-brahminskih Zackova u Harappa skupu podataka su gornja kasta, iako javni skup podataka ima Dalits i plemenske populacije)

- Postoji vrlo malo razlika između južnoindijskih brahmana po regiji i sekti (npr. Iyengar vs. Iyer su Tamilski brahmani podijeljeni s teološkim razlikama).

- Južni indijski brahmani genetski su različiti od sjevernokorejskih brahmana. Čini se da oni imaju otprilike polovicu udjela komponente "NE Euro" kao sjevernog indijskog brahmana (npr. Usporediti s bengalskim brahmama).

- Južni indijski ne-brahminski gornji kastani imaju vrlo malo komponente "NE Euro", što se nalazi na niskim, ali konzistentnim frakcijama među ne-brahmanima u Gangetskoj ravnici (i na mnogo većim frakcijama kao što se kreće prema Punjabu)

Ne znam o prirodi podrijetla Panha-Dravida grupa brahmana, ali izgleda da su endogamne, iz istog izvora, i vjerojatno su imali neke mješavine s lokalnim supstratom rano. To bi objasnilo njihovu ujednačenost i manji udio "NE Euro" u odnosu na sjevernoameričke brahmane. Gore navedeni rezultati sugeriraju da sirijski kršćani proizlaze iz obraćenika iz Nairove zajednice ili srodnih zajednica. Ovo ne bi trebalo biti iznenađujuće.

Konačno, neka se presele u Sjevernu Indiju i zonu koja se proteže između Punjaba na sjeverozapadu i Bihara na Istoku. Iako u većini ovog kraja brahmani imaju veće frakcije "NE Euro", čini se da je taj odnos kvar na sjeverozapadu. Posebno, Jatt zajednica čini se da ima najviše u podkontinentu. Postoje neobične teorije za podrijetlo Jattova u središnjoj Aziji. Ja sam ih otpustio, ali mislim da im treba drugi izgled. Razlog je jednostavan. Jattovi istočnoga Punjaba imaju veći dio "NE Euro" od populacija na njihovom sjeverozapadu (Pathans, Kalash, itd.), I skupine bramina (npr. Pandits) na svom području koji su teoretski viši u statusu kasta. To kršenje ovih dvaju trendova podrazumijeva nešto što se jednostavno ne može objasniti izravnim društvenim i zemljopisnim procesima. Čini se da se povezanost između podrijetla i statusa kasti malo pada na sjeverozapadu, budući da postoji velika razlika u komponentama predaka.

Netko tko ima više znanja o južnoj azijskoj etnografiji trebao bi težiti. Međutim, do tada pozivam čitatelje južne azijske baštine da pošalju svoje rezultate Zacku.


Zanimljivi Članci

Donatorske srce udaranje

Donatorske srce udaranje

Donirska nabava srca za transplantaciju srca Shutterstock 1968. godine trinaest muškaraca okupilo se na Medicinskom fakultetu u Harvardu kako bi praktički poništio 5.000 godina proučavanja smrti. U tromjesečnom razdoblju, odbor Harvarda (puni naziv: Ad Hoc Odbor Harvard Medical School za ispitivanje definicije smrti mozga) izradio je jednostavan skup kriterija koji danas dopuštaju liječnicima da proglase mrtvu osobu u manje vremena nego što je potrebno da biste dobili pristojan ispit oka. Korist

Potaknuti raznolikost baze podataka, 23andMe nudi besplatno testiranje genoma na 10.000 afričkih Amerikanaca

Potaknuti raznolikost baze podataka, 23andMe nudi besplatno testiranje genoma na 10.000 afričkih Amerikanaca

Kad ljudi govore o tome kako testiranje genetike postavlja put za personaliziranu medicinu, postoji podtekst koji nije uvijek jasno: to je personalizirana medicina za sjeverne Europe i njihove potomke. Ne-bijelci su iznimno slabije zastupljeni u većini kolekcija genoma, što znači da ako ste azijski ili afrički, teško je reći što genetske predispozicije možda imate u određenim bolestima ili kako ćete reagirati na lijekove koji ciljaju određene oblika enzima, na primjer. To takođe

Što jesti kako bi izbjegli dah češnjaka.

Što jesti kako bi izbjegli dah češnjaka.

Češnjak! Tako ukusna, ali tako smrdljiva. Ako bi bilo samo hrane, možete jesti nakon češnjaka kako biste ugasili smrad. Pa, prema ovoj studiji postoje. Ti su znanstvenici najprije razvili automatiziranu metodu za otkrivanje češnjaka, a zatim je upotrijebio to da "udahnu" dah sudionika nakon jedenja češnjaka, nakon čega slijedi raznovrsna hrana. Rezultat

Miješanje Magma u trenutačnoj erupciji El Hierro

Miješanje Magma u trenutačnoj erupciji El Hierro

Pauza je gotova! Prvo ažuriranje gleda na nastavak aktivnosti na El Hierro na Kanarskim otocima nastavlja. "Jacuzzisi" ustrajati na jugu otoka (vidi dolje) s nekim pokazateljima da bi mogli biti bliže obali nego prije - međutim, oni još uvijek ne izgledaju kao da su u vodi dovoljno plitke ili dovoljno žustro da aktivnost bude Surtseyan u prirodi. Mno

Vaš tjedni attenborough: Euptychia attenboroughi

Vaš tjedni attenborough: Euptychia attenboroughi

Mala, uočena i dunja bljesak krila u Amazonu suncu. Ogrlica u otajstvu do 2015 Euptychia attenboroughi ne znači da se vidi. Otrgnuta od tangles džungle podgrowth na pločastu pločicu, lepidopterističku zakletvu. Attironboroughov crnokil satir, Bog šuma, leptir, to zapravo nije važno. Crne točke izazivaju strah kada je opasnost blizu ili samo sijati zbunjenost, to nije sasvim jasno. Njegov

Alzheimerova bolest uključuje prion poput širenja oštećenih proteina

Alzheimerova bolest uključuje prion poput širenja oštećenih proteina

Prioni su zlikovci dostojni bilo kakve stripove. Oni su zarazni štetni proteini koji mogu pretvoriti svoje normalne vršnjake u njihove vlastite iskrivljene slike s dodir. Kako brojevi rastu, okupljaju se u velikim skupinama i uništavaju tkivo mozga. Oni uzrokuju bolesti poput ludog krave, Creutzfeld-Jacobova bolest (CJD) i scrapie. I