• Wednesday July 17,2019

Izbor vječni, više nema pretpostavki

Anonim

Tijekom godina sam aludirao na sukobe između Mendelijanaca, koji su bili proto genetici i biometrima, koji su bili klasični darvinci. Kao da je u hegelovoj dijalektici ovaj sukob egos na kraju doveo do sinteze koja je postala populacijska genetika. Povijesni proces je lijepo istaknut u Will Provineovim izvorima teorijske populacijske genetike, ali u to vrijeme donosi plodove u RA Fisherovom radu iz 1918. godine, "Korelacija rođaka na pretpostavci Mendelovog nasljeđivanja". Može se tvrditi da, iako je ova publikacija završila eksplicitnu raspravu i podjelu, stvarnost je da se razlika nastavlja, ne zbog temeljnih razlika, nego i pragmatičnih. Klasični populacijski genetičari usredotočeni su na pojedinačne ili dvije modele lokusa kako bi razvili svoje intuicije o putanju evolucijskih procesa. Kvantitativni genetičari raščlanili su svoje statističke tehnike zaključka o kontinuiranim likovima čiji je nasljedni karakter potvrđen, ali čiji su specifični kauzalni genetički elementi ostali misteriozni.

To se ne može razlikovati u predgenomnom razdoblju. Bez "velikih podataka" i "velikog metala" (tj. Računanja) bogat, ali neuredan, empirijski rad kvantitativne genetike i elegantni i analitički krajolici populacijske genetike odvojeni su metodološkim rasporedom. Poligenski modeli s donje strane gore nisu jednostavno bili izvedivi za evolucijske genetičare. I bez genomike vjerojatnost utvrđivanja kauzalnih lokusa u vrlo poligenskim crtama bila je malo vjerojatna i nije nužna za kvantitativne genetičare. Ali to se mijenja, jedno stoljeće nakon Fisherovog sjemeničnog papira koji je spajao dva polja u svojim teorijskim aksiomima.

A ovo nije trivijalan problem, jer prilagodljiva evolucija nastaje na kontinuiranim likovima na koje utječe poligenska varijacija stanja. Suptilne nasljedne razlike na kvantitativnim svojstvima gotovo sigurno imaju genetsku osnovu, ali kada se ta varijacija distribuira preko stotina ili tisuća lokusa, stvarnost mora ostati apstraktna. Može se izvući obrazovane tvrdnje o širokom protoku evolucijskog procesa, no ne može se približiti maticama i osvijetliti detalje o tome kako nastaje. A ti kvantitativni likovi su od neke note. Bolesti poput dijabetesa tipa 2 i šizofrenije izgledaju kao da imaju nasljednu komponentu, ali njihova moguća evolucijska podrijetla su u najboljem slučaju mutna.

Uz dostupnost velikih skupova podataka, teoretičari se sada uzbuđuju i pokušavaju zatvoriti knjigu koju je Fisher otvorio. Preko Haldaneovog sita objavili su preprint s intrigantnim naslovom Populacijska genetska potpis poligenske lokalne prilagodbe. Čini se da su tvrdnje obilježene velikom skromnošću:

Prilagodba kao odgovor na selekciju na poligenom fenotipu događa se preko suptilnih pomičnih alela frekvencija na mnogim lokacijama. Trenutačne genomske tehnike populacije nisu dobro postavljene da bi se identificirali takvi signali. U proteklom desetljeću, detaljna znanja o poligenskim crtama specifičnih lokaliteta počela su se pojavljivati ​​iz genetičkih studija udruživanja (GWAS). Tu spajamo ovo znanje iz GWAS-a s robusnim genetskim modeliranjem populacije kako bismo identificirali osobine koje su prošle lokalnu prilagodbu. Koristeći GWAS podatke, procjenjujemo srednju aditivnu genetsku vrijednost za davanje fenotipa u mnogim populacijama kao jednostavna ponderirana zbroja frekvencija alela. Mi modelimo očekivanu diferencijaciju GWAS lokusa među populacijama pod neutralnošću kako bi se razvili jednostavni testovi odabira preko proizvoljnog broja populacija s proizvoljnom strukturom stanovništva. Da bismo pronašli podršku za ulogu specifičnih varijabli okoliša u lokalnoj prilagodbi, testirali smo korelacije s procijenjenim genetskim vrijednostima. Razvijamo i opći test lokalne prilagodbe kako bismo identificirali prekomjerno raspršivanje procijenjenih vrijednosti genetičkih vrijednosti među populacijama. Ovaj test je prirodna generalizacija QST / FST usporedbi na temelju GWAS predviđanja. Konačno, postavljamo okvir za identifikaciju pojedinih populacija ili skupina populacija koje pridonose signalu prekomjernog dispersije. Ovi testovi imaju znatno veću snagu od njihovih pojedinačnih ekvivalenata lokusa zbog činjenice da oni traže pozitivnu kovarijancu između alela sličnih učinaka. Naši se testovi primijenjuju na skup podataka ploča raznolikosti ljudi pomoću GWAS podataka za šest različitih svojstava. Ova analiza otkriva niz predviđenih signala lokalne prilagodbe, a mi raspravljamo o biološkom tumačenju i upozorenjima tih rezultata.

Kako? Matematika će vjerojatno biti dojam gnarly za većinu čitatelja ovog weblog, ali hrabro treba samo ići preprint. Ono što ću reći jest da metode navedene u članku čini se da pokušavaju objasniti raznolike multivalentne sile koje poligenske osobine podliježu. Raspršena slaba selekcija je, naravno, suptilna i lako maskirana i zbunjena. Ono što treba učiniti jest usporediti obrasce unutar genoma s neutralnim očekivanjima koja se mogu predvidjeti iz filogenije i geografije. Dovoljno je lako, ali potpuno neizvedivo u računalu prije računala. Glavni empirijski rezultat koji ću ponuditi jest da oni nemaju dovoljno dokaza za selekcijske lokuse uključene u dijabetes tipa 2. Ovo nije dispozitivno prijedlog, ali posvećuje vjerodostojnost ideje da su ideje "štedljivog gena" prilično fantastične.

U konačnici zadaća izgradnje modela je zamorna i bit će iterativna. Ali ranih godina 21. stoljeća vidio je istu vrstu teorijskog oživljavanja i reformacije koja se dogodila početkom 20. stoljeća. Samo dobre stvari mogu doći.

,

Izvor: Populacijski genetički potpis poligenske lokalne prilagodbe.


Zanimljivi Članci

NCBI ROFL: Kada je riječ o duljini penisa i ekonomskom rastu, veličina je važna.

NCBI ROFL: Kada je riječ o duljini penisa i ekonomskom rastu, veličina je važna.

Muški orgulje i gospodarski rast: veličina je važna? "Ovaj rad istražuje vezu između ekonomskog razvoja i duljine penisa između 1960. i 1985. godine. Procjenjuje se povećan model Solow koji koristi skup podataka iz zemlje Mankiw-Romer-Weil 121. Utvrđeno je da veličina muškog organa ima suprotan U oblik odnosa s razinom BDP-a 1985. godine.

Razlike u kulturi su važne (čak i unutar islama)

Razlike u kulturi su važne (čak i unutar islama)

Pratio sam događaje u arapskom svijetu samo s udaljenosti. Bilo je puno uzbuđenja na Twitteru i na Facebooku. Budući da nisam nesputan entuzijast za demokraciju, nisam se pridružio u zanosu. Ali jako sam zabrinut zbog onoga što vidim su nerealne pretpostavke i lažne korespondencije. Ovo je veliki problem jer javnost nije u znanju svjetske povijesti i geografije. Na p

Shrews  'Heads Shrink and Grow s godišnjim dobima

Shrews 'Heads Shrink and Grow s godišnjim dobima

Stvaranje skupljenih glava - male, razbijene ljudske glave koje su široko povezane s voodoo i plemenskim ritualima - jeziv je proces, očito puno više nego što je prikazano u Beetlejuiceu . Ali prepustite životinjskom kraljevstvu dokaz da postoji prirodan, manje zlokoban način da se smanji glava. Crve

Zajedničko kemijsko kućanstvo povezano s ženskom neplodnosti

Zajedničko kemijsko kućanstvo povezano s ženskom neplodnosti

Kemikalija pronađena u zajedničkim proizvodima za kućanstvo i kozmetici povezana je s padom plodnosti kod žena, prema novoj studiji. Istraživači su ispitivali više od 1.000 trudnica i otkrili da su oni izloženi višim razinama perfluoriranih kemikalija (PFC) imali više poteškoća s trudnoćom. PFC se kori

Nove vrste Gibbona otkrivene u kineskom grobu

Nove vrste Gibbona otkrivene u kineskom grobu

U onome što bi moglo biti grob bake prvog cara Kine, znanstvenici su neočekivano otkrili kosti izumrle i dosad nepoznate vrste gibbona, otkriva nova studija. Ovi nalazi upućuju na postojanje višeg stupnja raznolikosti majmuna nakon posljednjeg ledenog doba nego što se prije mislilo, te da je broj izumiranja primata zbog ljudi vjerojatno bio podcijenjen. God

Provjera stvarnosti: klimatske promjene

Provjera stvarnosti: klimatske promjene

Globalno zatopljenje Prvo pitanje: Je li to stvarno? Da je. Dok su demanti godinama godinama bili jaki, što je dovelo do neaktivnosti vladinih šokiranih čela, izgleda da čak i zagovornici protiv globalnog zagrijavanja konačno dolaze okolo. I ne trenutak prerano, s obzirom da se ti glacieri još uvijek tope, oceani se još dižu, a zemlja se još zagrijava. Sljedeć