• Monday May 27,2019

Indijci kao hibridi (zvan Arijska invazija u kući!)

Anonim

Prije nekoliko mjeseci jedan me prijatelj upozorio na činjenicu da će David Reich objaviti članak o genetici Indijanaca koji je utvrdio da će ove populacije modelirati kao hibride između "Europljana i Andamanskih otočana". Papir je van, i moj prijatelj bio je otprilike u pravu. Rekonstruiranje povijesti indijske populacije:

Indija je bila nedovoljno zastupljena u genomskim istraživanjima ljudske varijacije. Analiziramo 25 različitih skupina u Indiji kako bismo pružili snažan dokaz za dvije genetske divergentne populacije starih populacija, koje su pretežite većini Indijanaca danas. Jedan, 'Ancestral North Indians' (ANI), genetski je blizak Bliskom Istoku, Srednjem Azijatu i Europljanima, dok je drugi "Ancestral South Indians" (ASI), koji se razlikuje od ANI i East Azijate kao što su jedni od drugih. Uvođenjem metoda koje mogu procijeniti podrijetlo bez preciznih populacija predaka, pokazujemo da se ANI predaka kreće od 39 do 71% u većini indijskih skupina, a veća je u tradicionalno višoj kasti i indoeuropskim govornicima. Grupe s jednim ASI podrijetlom možda više ne postoje u kontinentalnoj Indiji. Međutim, autohtoni Andaman otočani su jedinstveni u ASI povezanim skupinama bez ANI predaka. Razlike u frekvenciji alela među skupinama u Indiji su veće nego u Europi, što odražava snažne utemeljiteljske učinke čije su potpise održavane tisućama godina zbog endogamije. Stoga predviđamo da će u Indiji doći do prekomjernog broja recesivnih bolesti, što bi trebalo biti moguće genetski prikazati i mapirati.

Sam je rad relativno čvrst i sažet; puno se kobasica baca u dodatne informacije. To je slobodno dostupna na mreži, i zapravo bih sugerirao da prva polovica dopunka 1 ima više mesa nego sam papir.
Što se toga tiče, tekst nije toliko podebljan da je apstraktan, ili sažetci za tisak koji su se pojavili u njenoj budućnosti. Na primjer, kažu:

Upozoravamo da se 'modeli ' u populacijskoj genetici trebaju liječiti s oprezom. Iako pružaju važan okvir za testiranje povijesnih hipoteza, one su previše pojednostavljene. Na primjer, prave populacije populacije Indije vjerojatno nisu homogene kao što pretpostavljamo u našem modelu, već su vjerojatno nastale u skupinama srodnih grupa koje su mješale u različito vrijeme. Međutim, modeliranje ih kao homogene odgovara podacima i čini se da bilježi značajne značajke povijesti.

Općenito se slažem s osnovom ovoga. Glavno pitanje koje bih također naglasio jest da ovi rezultati samo pojašnjavaju i učvršćuju ono što je vjerojatno iz ranijih analiza genetske varijacije u svijetu. To jest, populacije sjeverozapadne Indije su bliže onima na Bliskom Istoku i Europi od onih u jugoistočnoj Indiji. Bilo je prilično strašno što potvrđuju da su Onge, koji su gotovo izumrli, relativno nedodijeljena drevna populacija. Čini se da se ogranak Onge spušta od predaka populacije koja je također poticala ono što se naziva u radu "Ancestral South Indian" (ASI). Oni ne pokazuju nikakvu mješavinu s "Ancestral North Indians" (ANI). Ovaj je dokument potvrdio i razjašnjen, kao i da se udio zapadnoeuroazijskih srodnih loza povećava kako u funkciji geografije tako i zbog kasta. To jest, postoji gradijent kasta od SE-NW i niže do gornje strane, pri čemu se vezane linije Zapadnoeurazije više prevladavaju. To je odavno poznato, ali ovaj je rad učinio s više SNP-ova diljem genoma.
Evo tablice koja pokazuje da je udio ANI raspon populacija:



Sve što stvarno trebate znati o Z-rezultatima je da negativni rezultati pokazuju visoku razinu aditiva. Evo tablice koja vam govori malo više o populacijama iznad:


Slijedeća slika ilustrira opći model koji se nalazi u pozadini ovog rada:


Imajte na umu da Andaman otočani, Onge, nisu stvarno preci Indijanaca na kopnu. Umjesto toga, oni su grana drevne populacije koja je vjerojatno najprije naselila Južnu Aziju, i blizu ASI. Tko su bili ASI? Budući da nisu stvarno oko, možemo stvoriti samo pretpostavke i zaključke. U ovom su radu Europljani na neki način zapravo zastupljeni ANI, iako je pretpostavka da su obje ove kćeri populacije druge skupine. Iako nisu jako gurnuti, spominju protoindo-Europljane kao kandidate za ANI.
U ovom trenutku, neka pogledamo PCA grafikon (koji sam redizajniran i označen kao i obično):


To ne bi trebalo iznenaditi, prijašnji radovi pokazuju da južnjaci šalju po osi dalje od Europljana. Jedna od točaka u radu je da postoji i raslojavanje zemljopisnih i kaste. Dodao sam neke naljepnice, ali mislio sam da je bušenje vjerojatno korisno. Ne znam sve ove skupine s vrha moje glave, a pretpostavljam da i neki od čitatelja rade. Zato sam zumirao:


Mislim da su neki od nedostataka s veličinom uzorka po redoslijedu niskih stotina prilično jasni. Nisu mogli niti koristiti sve svoje uzorke, niti su neki od uzoraka bili relevantni za pitanje. Siddis je indijsko-afrička mješavina koja se pojavila tijekom razdoblja muslimanske dominacije kada je ta skupina uvezla crne roblje. Tibet-Burman grupe sjeveroistočne Indije zanimljive su, ali izuzetne. Opći trendovi su jasni, sjeverni indijski skupine imaju više ANI nego južno indijske grupe, a gornje kasta skupine imaju više ANI od nižih kasta skupina, ali to je samo s "sve stvari jednako". Napominjemo da gornja kasta južno indijske skupine jasno imaju više ANI od nižih kasta Južnih Indijanaca, ali imaju manji udio od nekih sjevernih indijskih nižih kasti, a nalaze se u rasponu jedne sjeverne indijske plemenske skupine. Neki od izuzetnika su također zanimljivi; niži kasta pojedinac sličan austro-azijskim plemensima je iz skupine koja se nalazi u regiji s brojnim austro-azijskim narodima. Jasno je da je došlo do prebacivanja identiteta, tako da imate aberacije poput jednog sjevernoindijskog plemena koji klasterira s Kašmirskim Pandit Brahmanima! Austro-azijska skupina je također zanimljiva, jer govore jezicima koji se odnose na one jugoistočne Azije. Ovdje je karta austro-azijskih jezika:


Znamo s gotovo 100% izvjesnošću da je većina Burme i Tajlanda dominirala Mon-Khmer jezicima prije dolaska Shan, Bamar (Burmans) i tajlandskih naroda (da spomenemo nekoliko). Ovo je stvar povijesnih zapisa, uspon moderne Burme i Tajlanda bio je u velikoj mjeri priča o pomrčini Mon i Khmerovih društava koja su im poslala mnogo indijskog karaktera koji su im (npr. Sjeverni stanovnici često dolazili kao Mahayana budisti, ali Mon i Khmer Theravada budizam je usvojen kao dominantne religije u novim državama). Položaj Munda jezika je zbunjeniji, jer neki tvrde da su stigli s istoka, dok drugi tvrde da su se austro-azijske jezike proširili istočno od Indije. Ovo se neće riješiti u ovom blogu, ali dopustite mi da napomenem da gore navedeni genetički podaci, koji pokazuju "istočni" afinitet Munda, mogu biti kombinirani s kulturnim podacima kao što je dolazak rižinih uzgajališta s istoka i povijesne evidencije koje dokumentiraju migraciju stanovništva iz Burme, kako bi se izgradila vjerojatna priča o istoku i zapadu. Nasuprot tome, mnogi smatraju da su Austro-Azijci najstariji Južnjaci, marginalizirani od Dravida, a kasnije i Indoeurovance. Ne bih se iznenadio kad bi to bio prvi Dravidi, Austro-Azijci i konačno Indo-Europljani. Dravidi su pronađeni u svakom kutku potkontinenta (Brahui u Pakistanu, nekoliko skupina u Bengalu i raspršeni kroz centar) dok austro-azijati pokazuju ograničeni sjeveroistočni raspon.
Kao što sam napomenuo gore, dodatak 1 ima puno dragulja. Na primjer, autori primjećuju da su prethodni radovi koji su otkrili malu regionalnu diferencijaciju indijskih Amerikanaca mogli biti problematični jer postoji velika količina intraregionalne varijance koja, kada je srušena, izgubi bitne informacije. Ovaj grafikon pokazuje Južnjaci + Utah Whites + 85 Američki Gujaratis u svijetlo plavoj boji:


Imajte na umu da oko polovice Gujaratova tvore vlastiti neobjašnjivi klaster! Bacanje ih zajedno u jedan bazen bi prikrilo taj fenomen. Ovdje je moguće objašnjenje:

Zanimljivo je da jedna od podskupina GIH spada izvan glavnog gradijenta indijskih skupina, što sugerira da oni nose znatne predake koje nisu jednostavna mješavina ASI i ANI. Spekulativna hipoteza da neke gudžarske skupine spadaju među utemeljitelje carstva "Gurjara Pratihara", za koju se smatra da su utemeljili središnji azijski napadači u 7. stoljeću i da su vladali dijelovima sjeverozapadne Indije od 7. do 12. stoljeća. I. Karve je napomenuo da su endogamne skupine s imenima poput "Gurjar" raspoređene diljem sjeverozapadno od potkontinenta, te su pretpostavljale da je vjerojatno da će njihova imena pratiti ovoj invazivnoj skupini.

Ne znam ako je to uvjerljivo; možda će Gujarati čitač odmah prepoznati što je to tajna podstruktura.
Dalje su dva grafikona koji prikazuju indijance, Europljane i kineski. U prvoj godini PCA je izvorno konstruirana s Europljanima i Kinezima, a Indijanci su projicirani na njega koristeći varijaciju koja se nalazi u prve dvije skupine. U drugom slučaju, indijci i kineski korišteni su za izgradnju PCA, a projiciraju Europljani.


Ono što vidite je da su Europljani svi jednako povezani s Indijancima, ali Indijanci pokazuju gradijent odnosa prema Europljanima. To jest, ne postoji europska skupina koja posebno sliči indijancima putem veze s ANI; udaljenost između svih europskih skupina i ANI čini otprilike jednaka. Indijci se razlikuju po svom odnosu prema Europljanima, jer variraju u njihovom omjeru ANI.
U gornjoj tablici nalazi se referenca na udio ANI i ASI u svakoj indijskoj skupini. Jedno pitanje koje biste mogli postaviti: kako procjenjujete udio podrijetla od skupina za koje nemate nikakvih informacija, jer više ne postoje? Europljani i Onge mogu služiti kao punomoćnici za ANI i ASI, ali koliko daleko te dobiti? Pa, metode koje su koristile (imaju tri) koje određuju proporcije predaka mogu se koristiti na populacijama koje postoje. Dakle, ovdje je figura koja pokazuje kako se njihove metode uspoređuju kada pogledate stanovništvo u kojem znamo nešto konkretno o njihovim popratnim populacijama jer su te populacije još uvijek prisutne, afroamerikanci:


Također vjerujem da su njihovi izračuni grubo ispravni jer prolaze test mirisa. To nije kao da je ovo prva studija o genetici Indijanaca. Iako su pretpostavke o strukturnoj analizi nešto drugačije, možete razlikovati iste činove reda.
Vraćajući se natrag u prirodu strukture stanovništva unutar Indije, za razliku od indijanaca koji se odnose na neindijance, jedan od rezultata koji se pojavljuju jest da južnoazijske skupine imaju vrlo visoke Fst vrijednosti relativno prema europskim, kada se uspoređuju unutar regija ili između susjeda. Zapamtite da je Fst gruba mjera genetske varijacije koja se javlja između skupina. Poznati princip da je "85% varijance unutar utrka, a 15% između utrka", temelji se na Fst-u. Fst u tom je slučaju 0.15. Ispravljene za regiju i kastu, smatraju da južnoazijske skupine imaju Fst vrijednosti po redoslijedu 3-4 puta veće od ekvivalentnih europskih skupina. Ovo nije previše iznenađujuće, u povijesti i geografiji ljudskih gena LL Cavalli-Sforza primjećuje da su Europljani osobito homogeni. Prije bujice od 650 K SNP radova bilo je teško naći dobre stvari na filogeografiji europskih populacija, jer tehnike nisu imale moć da ih razlikuju. S druge strane, antropolozi su dugo mislili da je Indija prepuna diferencijacije. Uostalom, postoji sustav kasta. Indijanci su svakako fizički različiti. Osim toga, postoji i razmišljanje o tome da je Indija sekundarna Afrika, ukoliko se većina euroazijskih i australskih loza kreće natrag u Indiju. Poput Afrike, Indija može imati veliku raznolikost među svojim brojnim populacijama jer su stari, najstariji u Euroaziji i Australiji (u dogovoru s endogamijom naravno). Autori, međutim, imaju još jedan model:

Predlažemo da se visoki FST među indijskim skupinama može objasniti ako su mnoge skupine osnovale nekoliko pojedinaca, a slijedile su i ograničeni protok gena. Ova hipoteza predviđa da unutar skupina parova pojedinaca imaju tendenciju da imaju znatne proteine ​​genoma u kojima dijele najmanje jedan alel na svakom SNP. Pronašli smo
signale prekomjernog dijeljenja alela u mnogim skupinama.

Nastavljaju:

Šest grupa s indo-europskim i dravidskim jezikom ima dokaze o utemeljiteljskim događajima koji dolaze od prije 30 generacija.

uključujući i Vysya prije više od 100 generacija.

Snažna endogamija mora se primjenjivati ​​od tada (prosječni protok gena manji od 1 u 30 po generaciji) kako bi se spriječilo da se genetske potpise osnivačkih događaja izbrisati protjecanjem gena. Neki povjesničari tvrde da je 'kast' u suvremenoj Indiji '' izum 'kolonijalizma u smislu da je postao čvršći pod kolonijalnom vladavinom. Međutim, naši rezultati upućuju na činjenicu da su mnoge trenutne razlike među skupinama drevne i da je snažna endogamija u Indiji već tisućama godina morala oblikovati brakove

Ovo je jedno od mjesta gdje ćete dobiti osjećaj vremenske skale. U ostalom dijelu rada to izbjegavaju. U jednoj od brojki bilježe: "Iako je model precizan o topologiji stabala i poredavanju raspada, ona ne daje nikakve informacije o promjenama veličine populacije ili vremenu događaja." No gornji brojevi daju vremenske skale utemeljenja po redoslijedu 1.000 godina, s možda i drugima na 3.000 godina. Drugdje kažu:

Posebno su zanimljive dvije značajke povijesti koja je zaključila. Prvo, ANI i CEU čine clade, a daljnja analiza pokazuje da su Adygei, kavkazanska skupina, outgroup. Mnoge indijske i europske skupine govore indoeuropski jezici, dok Adygei govore jezikom sjeverozapada kavkaski. Oduševljava se pretpostavka da je populacija predaka ANI-u i CEU-u govorila "proto-indo-europskim", koja je rekonstruirana kao pretka na sanskrtu i na europskim jezicima, iako ne možemo biti sigurni bez datuma za ANI-ASI smjesu,

Unatoč živici, aluzija ovdje upućuje na datum vezan za red prije 4.000 godina. Ne znamo mnogo o tome kako su Indoarijci stigli u Indiju; najranije postojeće evidencije, Vede (koje su prvo bile prenesene usmeno), čini se da su postavljene u sjeverozapadnoj Indiji. Opća sumnja je, međutim, da civilizacija Indus Valley nije bila indoarijanska, a zapadno od Pakistana postoji populacija koja govori Dravidij, sugerirajući da je ta jezična grupa na jednoj točki govorila u regiji. Sve u svemu, crtež koji je blago iznesen u ovom radu, zvuči vrlo slično onome što Indijanci nazivaju arijska teorija invazije, masovno kretanje populacija iz sjeverozapada, zamjenjujući i podvrgavajući domorodaca. ANI vrijednosti na redoslijedu od 70-80% na sjeverozapadu čini se da predlažu u blizini ukupne zamjene.
Ja sam skeptičan. Očito je Ind-Arijci morali stići fizički, ali ove vrste nomadskih populacija imaju tendenciju da brzo dominiraju i kulturno asimiliraju sedentariste. U slučaju mađara i Turaka čak su nametnuli svoj jezik na domaće stanovništvo, uz samo marginalni genetski utjecaj. U radu se upućuje na vjerojatnost složene povijesti periodičnog, a možda i kontinuiranog protoka gena. Dvije mješavine drevnih populacija su ono što bi ekonomisti nazvali "stiliziranom činjenicom", dovoljno dobro da bi dobili neke točke, ali ne treba biti zbunjen za stvarnost.
Što je s idejom utemeljenja i kasnije endogamije koja objašnjava visoku Fst? Prije 2500 godina Herodotus je već izvijestio da je Indija najbrojnija nacija na svijetu (nije znao za Kinu). Nije baš kao da su Indoarijci stigli u Novi Svijet, gdje su se rodni stanovnici umrli kako bi mogli ući u veliku demografsku ekspanzivnu fazu. To se, rekao je, stanovništvo Indije nije s vremenom rasti, budući da su se kultura gurnula prema istoku s boljim alatima (npr. Željezne sjekire) i smanjila lokalne šume. Da biste stvarno testirali ovaj model trebate više 132 osobe iz 25 populacija. Potrebna vam je puno podataka od mnogih pojedinaca da biste dobili više zrnati osjećaj za varijaciju. Proširenja populacije su se dogodila na istoku do Mughalovog razdoblja dok je zemljište bilo vraćeno za poljoprivredu. Velik dio istočnog Bengala bio je relativno nedavno u posljednjih 500-1000 godina. U nekim regijama imamo osjećaj o tome što je demografska povijest, tako da bismo mogli predvidjeti obrasce Fst ako je model osnivanja + endogamija operativan. Povijesno, to može imati smisla nekim skupinama, kao što su brahmani, koji su se migrirali u razne regije kako bi pružali specijalizirane usluge, a zatim postali indigenizirani, ali čini se nevjerojatno kao objašnjenje za većinu castesa i jatisa. Mnoge iste dinamike na poslu u Indiji vjerojatno su radile na Bliskom Istoku. I u Europi, koja je prolazila kroz pad stanovništva i "odskočila" nakon pada Rimskog carstva. Trebali su samo pogoditi stablo bez vremena.

,
John Hawks ima sličan post.
Izvor: Reich D, Thangaraj K, Patterson N, Price AL, Singh L. 2009. Rekonstruiranje indijske populacije. Nature 461: 489-494. doi: 10, 1038 / nature08365


Zanimljivi Članci

Još jedna velika sunčeva svjetlost

Još jedna velika sunčeva svjetlost

U 03:48 UT 9. kolovoza (ranije danas, dok pišem ovo) Sunce je izbile još jedan bljesak, najveći dio tog ciklusa do sada. Vidio je orbitirajući solarni dinamički opservatorij: [Kliknite na ensolarnate.] Ova slika pokazuje Sunce u krajnjem ultraljubičastom zraku; Sunčeve pjege su svijetle na ovoj valnoj duljini, a bljesak je prilično očigledan! Došlo j

Živjeli rođaci Ötzi the Iceman mumija pronađeni u Austriji

Živjeli rođaci Ötzi the Iceman mumija pronađeni u Austriji

Iako je Ötzi Iceman umrla 5.300 godina, njegovo se naslijeđe još uvijek udaljava u novoosnovanim živućim rođacima. Istraživači su otkrili članove obitelji provođenjem DNK testova na krvi doniranoj od strane 3.700 ljudi u zapadnoj Austriji, nedaleko od Alpa, gdje je Ötzi pronađen kako se topi iz ledenjaka 1991. godine. Re

Ako postoji život na Marsu, kako bismo ga trebali postupati?

Ako postoji život na Marsu, kako bismo ga trebali postupati?

NASA-in glavni znanstvenik nedavno je najavio da ". imat ćemo snažne naznake života izvan Zemlje u roku od deset godina, i mislim da ćemo imati konačne dokaze u roku od 20 do 30 godina. "Takvo bi otkriće bilo jasno kao jedno od najvažnijih u ljudskom povijesti i odmah otvoriti niz složenih društvenih i moralnih pitanja. Jedna o

Koristeći Sunčevu svjetlost kako bi napravio protupožarni gorivo i zraku koji se može disati

Koristeći Sunčevu svjetlost kako bi napravio protupožarni gorivo i zraku koji se može disati

Prostorstvo je poput backpackinga. Ako ne možete utopiti zalihe poput hrane i vode na putu, koliko je moguće putovati ograničeno je koliko možete nositi. I u svemiru morate brinuti o tome da imate dovoljno goriva za vašu letjelicu i zrak koji vam može disati za vašu posadu. To je razlog zašto neki istraživači gledaju na tehnologiju koju nazivaju umjetnom fotosintezom - način iskorištavanja svjetla Sunca da stvori gorivo i zrak koji može prozračiti duže poslove. Taj bi sustav

EPO: Doping droga čini neželjeni povratak na bicikl

EPO: Doping droga čini neželjeni povratak na bicikl

Nakon godina odbijanja, Floyd Landis - biciklist koji je bio oslobođen od svojeg pobjedničkog naslova na Tour de France 2006. godine nakon što nije proveo test na droge - priznao je prošlog tjedna da je uzeo lijekove koji pojačavaju performanse. I njegovo priznanje izaziva promjenu, dijelom zbog toga što je također povezao bivšeg suigrača Lancea Armstronga, sedam puta pobjednika Tour de Francea (Armstrong poriče optužbu), a djelomice zbog posebnih lijekova koji je preuzeo: G. Landis je

Čitanje svinjetine uma - na koži

Čitanje svinjetine uma - na koži

Šteta sipe koja pokušava igrati poker. Tamo gdje se ljudi mogu bljesnuti kada su neugodno ili bijeli kad se plaše, sefovi svoje misli na svojim kožama nose znatno doslovce. Naše promjene u boji uzrokuju ništa više od promjena u krvi koja teče točno ispod naše kože, i to je slaba oznaka onoga što su naše stvarne misli. Sulo, za ra