• Tuesday July 16,2019

Bayes & Out-of-Afrika protiv Alana Templetona

Anonim

Alan Templeton, čiji je tekst Populacijska genetika i mikroevolucionarna teorija točno ispod Hartl & Clark u svojoj knjizi, nedavno je objavio snažan tekst, koherentan i nekoherentan zaključak u filogeografiji i ljudskoj evoluciji. Mogućnost statističkih pogrešaka u objavljenom radu nije šokantna, čuo sam da kada se statističari traže da razvrstavaju radove u časopisima za medicinsku genetiku postoje elementarne pogreške u ~ 3/4 onih koji su to učinili izvan peer reviewa. Čini se da se Templeton čini da je snažniji slučaj od jednostavnog opovrgavanja osnovnih pogrešaka, osobito on sugerira da je metoda "ABC" koja leži u srcu papira koju sam pregledao prošlog tjedna nesukladna u korijenu. Ovdje je Templetonov apstrakt:

Hipoteza je ugniježđena u općenitijoj hipotezi kada je poseban slučaj opće hipoteze. Kompozitne hipoteze sastoje se od više od jedne komponente, au mnogim slučajevima različite kompozitne hipoteze mogu dijeliti neke, ali ne sve te komponente i stoga se preklapaju. U statistici, koherentne mjere ugradnje ugniježenih i preklapajućih kompozitnih hipoteza tehnički su one mjere koje su u skladu s ograničenjima formalne logike. Na primjer, vjerojatnost ugniježenog posebnog slučaja mora biti manja ili jednaka vjerojatnosti općeg modela unutar kojeg je specijalni slučaj ugniježđen. Bilo koja statistika koja dodjeljuje veću vjerojatnost za poseban slučaj, kaže se da je nekoherentna. Primjer nedosljednosti prikazan je u ljudskoj evoluciji, pri čemu je približna metoda Bayesovog izračuna (ABC) dodijelila vjerojatnost da je model ljudske evolucije bio tisuću puta veći od općenitijih modela unutar kojeg je prvi model potpuno ugniježđen. Utvrđeni su mogući uzroci ove nedosljednosti, te se predlaže korekcije i ograničenja kako bi ABC i slične metode bile koherentne. Druga metoda bazirana na koalescentu, ugrađena filogeografska analiza clade, koherentna je i također omogućuje testiranje pojedinih komponenti kompozitnih hipoteza, drugi atribut koji nedostaje u ABC i drugim simulacijskim simulacijskim simulacijama. Nedosljednost je vrlo nepoželjna imovina jer to znači da je zaključak matematički netočan i formalno nelogičan, a objavljene nedosljedne zaključke o ljudskoj evoluciji koje favoriziraju zamjensku hipotezu izvan Afrike nemaju statističku ili logičku valjanost.

Metoda koju Templeton preferira prirodno je ono što je gurnuo u prošlosti. U svakom slučaju, ne znam statističke detalje dovoljno dobro da komentiram s puno znanja, ali vidim da je statističar već odgovorio na Templeton, pa bih preporučio to provjeriti. Odmah sam otišao potražiti odgovore jer papir koristi jako snažan i odbacujući jezik, a ja sam pomalo oprezan takvim stvarima kada pokušavam razoriti osnove cijelog polja istraživanja (želim naglasiti da u cjelini uživam Templetona, ali papir me podsjetio na malo previše Jerrya Fodora). Njegov citat Poppera posebno se čini apelom na autoritet koji ima za cilj uvjeriti ne-statističare u publiku, i to ne vidim osim retoričkog korisnosti. Ja imam tendenciju da pomalo prihvaćam Templetonovu kritiku modela koji pretpostavljaju vrlo mali protok gena između populacija hominina prije migracije izvan Afrike, iako iz onoga što mogu reći čini se da je Afrika imala relativno malu povratnu migraciju na jugu od Sahare tijekom proteklih 50.000 godina, pa je možda i ovo stariji dinamički. Oprezno sam optimističan da DNA ekstrakcija iz fosila može staviti u krevet neke od tih argumenata nad plesom parametara, iako je prirodno tumačenje uvijek pitanje izvan čiste matematike.

Za ono što vrijedi, ovdje je model koji Templetonova metoda pogoduje:

Tanke linije predstavljaju kontinuirani protok gena između populacija, a debele linije izuzetno snažne demografske i genetske impulse koji periodički osvajaju statusno stanje genetske strukture. Podrazumijevao sam nešto slično kao operativni na manjoj skali H. sapiens sapiens .

Izvor: Coherent i nekoherentan zaključak u filogeografiji i ljudskoj evoluciji, PNAS 2010 107 (14) 6376-6381; doi: 10, 1073 / pnas.0910647107


Zanimljivi Članci

Sleeper virusi objašnjavaju zašto se HIV razvija među ljudima sporije nego unutar njih

Sleeper virusi objašnjavaju zašto se HIV razvija među ljudima sporije nego unutar njih

HIV - virus iza AIDS-a - najraznolikiji je od svih virusa. Jednom kada zarazi nekoga novom, ona se mutne tako brzo da u samo nekoliko mjeseci može stvoriti milijune genetski različitih vrsta. Ovaj evolucijski napad nadilazi imunološki sustav domaćina i stvara velike probleme za bilo kojeg znanstvenika koji pokušava stvoriti lijek ili cjepivo. Raz

Što je izbrisalo američki Zapad?  Istraživanje troąkoga istrebljenja

Što je izbrisalo američki Zapad? Istraživanje troąkoga istrebljenja

Na prašnjavom tlu je uletjelo olupina močvarne šume koja je iznenada potamnjela i umrla prije 215 milijuna godina. Paul Olsen pokreće pokvarene hrpice bijelog, crvenog i crnog kvarca. "Vidiš kako izgleda ropey?" Pita on. Podigne komad. "Izgleda da je netko uzeo male komadiće užeta, odrezao ih i spustio ih."

Može li se mozak zadržati u Jar?

Može li se mozak zadržati u Jar?

Čovjek s dva mozga, Steve Martin, 1983, Warner Bros / Everett zbirka P: Nije neuobičajeno vidjeti "mozak u staklenku" u televizijskim emisijama ili filmovima, ali je li moguće da mozak tako živim sa modernom tehnologijom? - Vesta Moore, Lincoln, NE O: Moguće je zadržati izolirani mozak živ, ali samo kratko. I iz

Svemirska obala Floride nalazi se u križićima uragana Mateja

Svemirska obala Floride nalazi se u križićima uragana Mateja

Jutros, kad su se ažuriranja uragana Mateja pojavila na mojim lokalnim vijestima, imao sam vrlo sebičan mentalitet. Uragana koja se približava zanimljiva je s vremenskog gledišta, ali nisam bio previše zabrinut. Mentalno sam provjeravao moj popis obitelji i prijatelja; nitko od njih nije izravno naštetan. I ta

Meowvolutionary Psychology

Meowvolutionary Psychology

Znaš li to stvar što mačke rade kad se utrljaju na noge? Jesu li oni evoluirali da to učine? Najudaljeniji odgovor je vjerojatno "tko se brine, to je slatko", ali medvjed sa mnom; bliži pregled ovog divnog ponašanja baca svjetlo na neka ozbiljna pitanja. Na jednoj razini, očito nisu. Mačke

NCBI ROFL: Veliki penisi i evolucijska teorija vaginalnog orgazma.

NCBI ROFL: Veliki penisi i evolucijska teorija vaginalnog orgazma.

Žene koje žele duže penise imaju veću vjerojatnost da imaju vaginalni orgazam (ali ne orgazama klitorisa): implikacije za evolucijsku teoriju vaginalnog orgazma. "Uvod. Istraživanja pokazuju da (i) ženske orgazme tijekom penile-vaginalnog odnosa (PVI) utječu na karakteristike muškog partnera povezane s fitnesom, (ii) veličina penisa je važna za mnoge žene, i (iii) preferira se dulji penis povezana s većom konzistentnošću vaginalne orgazme (potaknuta PVI-om bez istodobnog klitoralnog masturbacije). Ciljevi. Tes